Hjernen er organisert i flere avdelinger (Fig. 3). Tradisjonelt deler man hjernen inn i fem hovedavdelinger. De er slik:
Fig.3 Hjernens organisering: Skissen viser et tidlig stadium av sentralnervesystemet i fosterets utvikling
Disse avdelingene består igjen av ulike underavdelinger, enheter eller det vi kan kalle strukturer – eller i noen tilfeller, kjerner. Med struktur/kjerne mener vi da en ansamling av nerveceller som er tilknyttet samme funksjoner.
Telencephalon (også omtalt som cerebrum) består av de cerebrale hemisfærene (halvkulene), altså mesteparten av det synlige av hjernen. De cerebrale hemisfærene består av hjernebarken, hvit marg og basalkjernene. Diencephalon består av epitalamus, talamus, hypotalamus og retina (som er netthinnen i øyene). Mesencephalon utgjør det vi kaller for midthjernen. Metencephalon er utgangspunktet for strukturen vi kaller pons og lillehjernen (cerebellum). Myelencephalon kalles også medulla oblongata og er den forlengede marg. I forlengelsen av medulla oblongata kommer ryggmargen, medulla spinalis.
Vi skal nå ta for oss funksjoner de fleste av disse strukturene medvirker til.
Fig.4 Hjernen: Lag for lag.